Şaşılığın nasıl meydana geldiği tam olarak bilinmemektedir. Gözlerin hareketi 6 adet kas tarafından meydana getirilir. Bu kaslar, gözleri sağa, sola, yukarı ve aşağı doğru hareket ettirirler. Sola doğru bakarken sol gözü dışa doğru çeken kas sağ gözü ise içeri doğru çeken kas eşit oranda ve uyum içerisinde çalışmalıdır. Bu arada diğer kaslar da belli bir açı ile uyum içerisinde kasılmalıdır. Hareket halindeki herhangi bir nesneyi gözlerimiz ile takip edebilmememiz için tüm bu kaslar, nesnenin gözlerimize göre yaptığı açıyı koruyacak şekilde kasılmalıdır. Bu kasların kasılması beynimiz tarafından kontrol edilir.
Şaşılık gözlerimizin hareketini sağlayan merkezlerde meydana gelen bir bozukluk sonucu gelişir. Ancak bu bozukluğun tam olarak ne olduğu henüz bilinmemektedir. Şaşılık beyne bağlı hastalığı olan çocuklarda daha sıklıkla görülür. Bu hastalıklar, serebral palsi, Down sendromu, hidrosefali, prematürite gibi durumlardır. Ancak unutulmaması gereken bir nokta da, şaşılığı olan çocukların şaşılıkları dışında sağlıklı olduklarıdır. Bu nedenle şaşılığı olan ve eşlik eden nörolojik bulguları olmayan çocuklardan ek tetkiklerin istenmesi gerekli değildir. Gözlerin görmesini bozan katarakt, göz içi tümörler, göz yaralanmaları gibi durumlar da şaşılık yapabilir. Ancak bir çok çocukta bu hastalıklar yoktur, bir kısmında şaşılığı dair aile öyküsü olabilir.